成立背景
「能源(energy)、經濟(economics)與環境(environment)」3E並重以確保地球永續發展已成為全球的共識。
工業革命以來，經濟發展與環境保護發生了嚴重的衝突，衝突的關鍵就在於「能源」。化石燃料造就了人類空前的經濟盛世，但同時也付出了環境汙染的慘痛代價。二十世紀，環境保護與經濟發展衝突不斷，經濟發展經常不經意造成環境汙染，過度訴求環保則往往限制經濟發展，兩者就在這種擾嚷聲中進入了二十一世紀。
進入二十一世紀後，人類面臨能源的問題並沒有紓緩，反而更加嚴峻，兩大問題有待解決。化石燃料枯竭所造成能源短缺問題，石油與煤等化石燃料存量有限，以石油為例，僅存40~50年的使用量，而台灣本身缺乏自產化石能源，因此，在這方面所面臨的挑戰更是嚴峻。大量仰賴進口化石能源增加了台灣經濟之不穩定性，發展替代能源已經刻不容緩。CO2排放所造成的溫室效應、全球暖化問題
，大量使用化石燃料造成溫室效應，因此，執行「京都議定書」進行CO2減量以減緩地球暖化已成為政府之「無悔政策」。
二十一世紀是一個二氧化碳減量年代，也是一個後燃燒年代，以傳統思維是一條走不通的路，絕對無法解決目前所面臨的問題，唯一的出路就是發展綠色能源。是綠色能源？綠色代表環境友善，能源攸關經濟發展，因此成立綠色能源科技研究所不僅具有經濟發展的積極目標，同時具有環境保護的時代意義。